うちの環境だけかもしれないけど、pandocをWindowsにインストールしても上手く動いてくれなかった。エラーの内容的に環境変数に追加をミスってるのだと思ってPATHを見てみると、確かに末尾にpandocへのPATHを追加してくれている：
C:\my\existing\pathes;C:\Users\<username>\AppData\Local\Pandoc\
のように。
末尾の"\"を消すと動いた：
C:\my\existing\pathes;C:\Users\<username>\AppData\Local\Pandoc
